Instytut Prahistorii składa się z czterech jednostek o odrębnych zakresach
 badawczych oraz odmiennych specjalizacjach naukowych. Są to: 
 

Zakład Prahistorii Powszechnej Epoki Kamienia i Brązu

Zakład Prahistorii Powszechnej Epoki Żelaza

Zakład Prahistorii Polski

Zakład Historii i Metodologii Prahistorii

 Ponadto integralną część Instytutu stanowi Biblioteka o bardzo bogatych 
 zbiorach, uznawanych za jeden z najważniejszych i nejcenniejszych 
 księgozbiorów archeologicznych w Polsce. 

 Zasadnicza praca badawcza i realizacja programów naukowych odbywa 
 się w ramach Zakładów, tak, że tworzą one podstawowe jednostki nie 
 tylko w sensie czysto organizacyjnym, ale także jako ośrodki inspirowania i  realizacji zasadniczych przedsięwzięć badawczych.